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云生信-馆长拍了拍你：天然产物出高分的buff还在！前阵子分享的天然产物生信思路，不少小伙伴已经复现落地，快的昨天就出了结果，1个月跑完整套流程，对云生信团队来说就是常规操作。

 

这不，今天馆长又挖到一篇天然产物生信高分文章，成功发上JTM。研究从天然产物白皮杉醇出发，再联合用网络药理学+单细胞+分子对接这套组合拳撑起主体，0返修拿下9.7分。不管你是想换一个天然产物，还是换一个疾病背景，这套框架都能直接复用！

 

不废话，直接来看看这套思路怎么无缝衔接到你自己的课题里~

 

题目：白皮杉醇（PIC）通过CCL5/CCR5/NF-κB轴调节小胶质细胞极化，从而减轻视网膜内皮细胞功能障碍

 

亮点分析

 

选题上，文章以糖尿病视网膜病变（DR）中“神经炎症—微血管损伤”交互为核心，选取天然活性分子白皮杉醇（PIC），研究其通过调控小胶质细胞M1/M2极化保护视网膜内皮细胞的作用。选题同时踩中天然产物、小胶质细胞极化、CCL5/CCR5/NF-κB炎症轴三个高热度方向，并直面抗VEGF治疗应答不足的临床痛点，新颖性和转化价值拉满！

 

思路上，文章采用网络药理学靶点预测→疾病多数据库整合→转录组差异分析→WGCNA共表达模块→单细胞公共数据挖掘→分子对接的整体逻辑，关键加分点就藏在以下几个动作里：

 

其一，多源数据库交叉整合，SwissTargetPrediction、GeneCards、OMIM、DisGeNET等联合使用，UniProt标准化，降低假阳性；其二，多组学交集筛选，药物靶点、疾病靶点、差异基因和WGCNA关键模块层层取交集，快速缩小候选范围并聚焦核心靶点；其三，公共单细胞数据定位靶点细胞类型，明确CCR5主要表达于视网膜小胶质细胞，增强机制指向性；其四，分子对接计算模拟，预测PIC与核心靶点的结合能和结合模式，从计算层面评估靶点可成药性。这4个点组合起来，研究深度直接拉满！难怪能0返修拿下JTM，每个步骤都做的很全面，细节满满。

 

那么文章得到了什么主要结果呢？跟馆长一起往下看：

 

主要结果

 

1.单细胞图谱揭示原发与肝转移PDAC异质性，肝转移中恶性上皮、髓系和内皮增多；恶性细胞EMT、CNV、干性升高，ANXA1/KRT7/LDHB上调。

 

 

2.恶性细胞再聚类为四亚群，TSPAN1_MC2分化潜能和干性最高，富集轨迹分支，TFF3/LGALS4高表达，迁移通路激活，高丰度预后差。

 

 

 

3.空间转录组显示TSPAN1_MC2与CAF、内皮共定位，肝转移中更致密，位于肿瘤核心；NMF提示肝转移生态位富集黏附/趋化，原发富集ECM/血管。

 

 

4.三种轨迹算法汇聚定义Cluster1为LMIC，位于发育根，EMT/ECM/黏附激活、OXPHOS下调；84基因签名独立预后差，并关联免疫抑制。

 

 

5.CellChat/CellPhoneDB提名CAF源SEMA3A与LMIC NRP1轴，二者肝转移上调、与间质/TGF-β正相关、预后差，空间共定位。

 

 

6.LMIC富集WNT/PI3K-AKT/TGF-β；NRP1与干性/通路相关；DoRothEA提名YY1，DepMap示PDAC依赖，YY1与NRP1相关，JASPAR预测启动子结合。

 

 

7.scFEA/scMetabolism显示LMIC脂质合成、糖基化、氧化还原重编程，FASN/ACACA/ACLY/MAT2A上调；BeyondCell预测FAK、HDAC、CPT1A等敏感。

 

 

云生信馆长点评

 

这篇JTM套路，你学会了吗？选题嗅觉很准，技术细节也拉满，9.7分拿的轻轻松松！想发文不知道怎么选？这篇文章就是很好的思路。